大雨の影響で、JR九州は6月26日午前6時時点で佐世保線の江北から佐世保間で始発から運転見合わせとするなど、複数の路線で運行に支障が生じています。
大雨に伴うJR九州の列車運行への影響は、26日午前6時時点で以下の通りです。
長崎線（上下線）の鳥栖から肥前浜間は本数を減らして運行しています。佐世保線（上下線）の江北から佐世保間は「リレーかもめ号」を除き、始発から運転見合わせとしています。鹿児島線（上下線）の鳥栖から荒尾間は本数を減らして運行しています。
特急列車の運休状況は以下の通りです。ふたつ星4047は全列車全区間で運休しています。みどり2、6、10、16、20、24、28号は佐世保と博多間で運休です。みどり7、11、15、19、27号は博多と佐世保間で運休しています。みどり23号は博多から武雄温泉間で運休しています。
ハウステンボス関連の特急列車では、ハウステンボス24、28号がハウステンボスと博多間で運休です。ハウステンボス11、15、19号は博多とハウステンボス間で運休としています。